2000年的《十五歲：學校IV》後，山田在他70歲大壽的2001年沒有推出導演作品，只得《釣魚傻瓜日記》第12集的合編劇本，是他自1962年首次沒有導演作品上映的一年。2002年的《黃昏清兵衛》是他從1966年《運氣好的話》以來首次拍古裝片，假如將本片歸類為武士片，則是山田的第一次。
本片改編自藤澤周平的三部時代短篇小說：《黃昏清兵衛》、《竹光始末》及《乞丐助八》。藤澤周平的作品屢被拍成電視劇，卻未被拍成電影。山田《黃昏清兵衛》的成功，不止為他再創事業高峰，也為在1997去世，逐漸被日本讀者遺忘的藤澤周平帶來復興。
清兵衛（真田廣之飾演）是低級武士，喪妻後債台高築，家有兩名女兒及痴呆母親，他四成俸祿要用來還債，所以一下班便要立即回家，做家務、落田、做手作賺外快。他拒絕和同事飲酒作樂，被他們譏為「黃昏清兵衛」。
和清兵衛青梅竹馬的朋江（宮澤理惠飾演）的丈夫酗酒，又對她拳打腳踢，兄長倫之丞（吹越滿飾演）靠人事關係讓她和丈夫離婚，回到娘家。但其丈夫豐太郎不服，到他們家鬧事。清兵衛在場，提出與豐太郎比武解決。豐太郎以真刀赴戰，有心取清兵衛性命，但清兵衛用木棒輕易取勝。清兵衛的聲名不脛而走，原來他曾是短刀名師的徒弟兼助教。倫之丞希望清兵衛能娶其妹，但清兵衛以他的俸祿太低，斷然拒絕。
一場權鬥，藩中一幫勢力被剷除。善右衛鬥（田中泯飾演）拒絕切腹，他自困於屋中，來處決他的武士都被他殺掉。清兵衛被命令去幹掉善右衛鬥，他無法拒絕。臨行前他請朋江過來為他梳頭更衣，清兵衛向她表達愛意，朋江說她剛剛接受了提親。清兵衛擊敗善右衛門，並得到朋江下嫁。可惜快樂日子過不到三年，於明治復辟後的戊辰戰爭，清兵衛中火槍身亡，朋江將他兩個女兒撫養成人。
山田在此片極度求真，時代考證做了十年，佈景擺設服裝都比主流的時代劇電影或電視劇精細。最高難度是燈光，山田不滿時代劇為了畫面好看，室內或夜間都拍得太光。山田的堅持可與寇比力克《亂世兒女》（Barry Lyndon，1975）相比，該片是山田一個重要參考，尤其是清兵衛及善右衛門的決鬥。《黃昏清兵衛》的燈光強調光源的位置，不會令人看得出有「正確」光源（例如燭光、火爐、從外照射入室內的陽光）以外的光線。
例外是有朋江的場面會拍得稍光，不過這也配合了劇情，因為以影片旁述（故事發生時五歲的幼女以登）所言，朋江每次過來，家裏彷彿光明了一樣。山田的作品素有強烈的片廠味道（這一點在《家族》，以及他1990年代的個人作品大為收斂）。他在《黃昏清兵衛》極力避免片廠式人工化畫面，同時維持片廠製作的無瑕疵畫質。
矚目決鬥戲
山田嘗試時代劇，並不完全是因為對藤澤周平情有獨鍾，而是他很想嘗試拍決鬥時，主角奪去對手性命的一刻。原著對決鬥的描寫，往往只是瞬間分出勝負，電影版的兩場決鬥是特意設計出來。清兵衛以木棍打贏豐太郎一場，山田原本用兩部攝影機拍攝，但真田廣之身手仍很靈活，只用了一部攝影機的片段便拍到所需的效果。
和善右衛門的決鬥，山田參考了《亂世兒女》，以及《遠山呼喚》所致敬的《原野奇俠》（Shane，1953）。善右衛鬥這個武藝高強、不帶奸險但殺人不眨眼的人物設定，和《原野奇俠》的終極對手Jack Wilson相近。《亂世兒女》決鬥一場時間很長，但真正開槍的時間只佔很少。清兵衛本來想快快和善右衛門開打，後者卻和他談話片刻，道出自己都經歷過喪妻及貧困，兩人倣如閒話家常，令觀眾感覺不耐煩時又忽然開打。
清兵衛在山田的刻劃下，有着他作品一貫的「愛在心內口難開」的害羞俊男的特點。倫之丞向清兵衛提親時，真田廣之做出來的反應，和《男人之苦》中前田吟、中村雅俊、澤田研二面對心上人的羞澀非常相似，換作其他導演的作品，真田若做出這種表情便會很滑稽。清兵衛對朋江的表白，也像阿博向阿櫻、或者《遠山呼喚》耕作在自首前一晚向民子傾訴愛意一樣。
看完電影版才看原著的觀眾，一致地覺得和原著很不同。但假如一直追隨山田的作品，即可見到他從《希望與痛苦》、《息子》及《學校III》都會將原著改到面目全非，或者將原著一小部分當作起點，山田再寫他想寫的故事，不過藤澤的寫作風格已和一般時代小說有別。暢銷時代小說作家通常擅寫長篇、甚至幾十冊的極長篇，藤澤卻喜歡寫短篇，而這些短篇的風格也避免平鋪直敘，例如《黃昏清兵衛》原著就有很多篇幅詳說權力鬥爭的背景及經過，去到一種故弄玄虛、轉移視線的地步。
在多數的小說改編電影，編劇是刪多過加。藤澤原著的人物設定頗為薄弱，不止要用三個短篇才湊得成這部電影，清兵衛的人物設定也是集合三個短篇的主角設定。於電影較為重要的對白及情節，是山田和朝間義隆在劇本中補足。山田不拘泥原著、甚至比原著更懂原著的潛質，是從橋本忍習來的技巧。
武士本質剝削平民
《黃昏清兵衛》另一種真實感來自對武士的「不浪漫」描寫。清兵衛要做家庭手作養家，一個經典先例是山中貞雄《人情紙風船》。清兵衛賣掉武士刀，以竹刀裝樣子，就是小林正樹《切腹》貧窮武士的恥辱命運。（《學校IV》女貨車司機一段，她的自閉兒子房間有《切腹》的海報。）不過，清兵衛賣掉武士刀以竹刀頂替、用短刀打敗善右衛門的情節，是來自《竹光始末》原著。
山中貞雄及小林正樹對武士道，甚至是武士片有強烈的批判。山田在《黃昏清兵衛》的批判，既較兩者含蓄，但同時範圍更廣，因為他展露出封建日本社會，武士階級無情地剝削農民。片中有兩次，餓死的農民屍體隨河水漂到下流，農民餓死，藩府糧倉的食物卻多得很，我們知道這點，因為清兵衛的工作是管帳。
朋江不理武士階級不准參觀農民祭典的禁令，因為她覺得「沒有農民又怎會有武士」。簡單而言，日本的農民階級辛苦勞動，去供養遊手好閒的武士及貴族階級。清兵衛的同僚終日飲酒嫖妓，不單是用農民的稅金吃喝活樂，當時的妓女也大多是農民賣女而來。
清兵衛安貧樂道，身懷絕技卻甘願做低薪武士，也可以理解成他不願進一步剝削農民。倫之丞告訴他日本即將改朝換代，武士時代即將結束（後來善右衛門都有說過），清兵衛淡然的回答：到時我就做農民。此外，他的大女兒萱野在私墊學習論語，兩父女談到學問會否比針黹更適合女孩子。清兵衛說一個人如有學識，時代怎變也懂得思考，所以也能生存，這種「教育論」和《學校》第一集一脈相承。
山田對封建社會的含蓄批判，就如《家族》批判日本戰後經濟起飛，只是不會像前衛或政治掛帥的導演般大聲疾呼，以為革命就能改變一切。清兵衛二女兒以登為影片旁述，在影片結尾道出父親陣亡之後，父親昔日同僚許多都在明治時代升官發財，我會進一步詮釋為明治維新下，封建政治只是換湯不換藥。
《黃昏清兵衛》為山田第四度奪得《電影旬報》年度第一的殊榮。山田好些作品代表過日本競逐奧斯卡最佳外語片，包括在《電影旬報》未有奪得高位的《希望與痛苦》。《黃昏清兵衛》是該年的代表，打入最後五強，是山田的首次，也是日本電影自《泥河》以來，相隔廿多年再次打入最後五強。山田在往後四年，再拍出兩部改編藤澤周平短篇時代小說的電影。